1. Organigram

Struktur IASM mencakup:

• Alumni sebagai basis komunitas. 
• Dewan Pengurus yang terdiri dari Pengurus Besar sebagai pengelola basis komunitas angkatan, regio, minat, dan profesi, Pengurus Kecil sebagai pelaksana harian kerja terdiri dari Seksi serta Kelompok Kerja (Pokja) tematik, dan Pengurus Inti sebagai pelaksana strategis.
• Dewan Pengawas

Struktur tersebut didukung oleh forum-forum dan basis komunitas seperti:

• Regio
• Angkatan
• Profesi dan Minat
• Karya Pelayanan

2. Pengurus

Pengurus Kecil berisi kepemimpinan inti dan seksi-seksi pendukung pelaksanaan program dan kelompok kerja (Pokja) tematik, yaitu: 

• Ketua: Bonifasius Damar Juniarto (Merto KPP 1991)
• Sekretaris: Ignasius Danang Wahyu Nugroho (Merto KPP 2001)
• Bendahara 1: Romanus Cipta Wahyana (Merto KPP 1991)
• Bendahara 2: Martinus Ari Prasetyo (Merto KPP 1991)
• Bendahara 3: Romo Puja Harsana SJ (Minister Seminari Mertoyudan ex officio)

Pembagian kewenangan bendahara mencakup aspek eksternal, internal, dan keuangan, antara lain: pengelolaan anggaran, fungsi juru bayar, dan pencatatan keuangan yang akuntabel. 

Seksi-seksi:

• Seksi Komunikasi dan Publikasi: Gabriel Abdi Susanto (Merto KPP 1991)
• Seksi Pengembangan Kapasitas Alumni: Benny Pudyastono (Merto KPP 2005)
• Seksi Data dan Administrasi: Antonius Suryantopo (Merto KPP 2001)
• Seksi Hubungan Antar Organisasi dan Almamater: Christianus I Wayan Eka Budiartha (Merto KPP 1991)
• Seksi Rumah Tangga: Yohanes Bosko Arie Wicaksono (Merto KPP 2001)

Pokja-Pokja Tematik:

Pokja Koperasi Alumni: 

• Bramantya, Merto KPP 1989
• Nanang Sumaryadi, Merto KPP 1995
• Yusup Parno, Merto KPP 1971
• Wahyu, Merto KPP 1996
• Bernardi Suwito, Merto KPP 1979/1982
• Cahyo Widiyarto, Merto KPP 1989
• Paulus Tri Wahyudi, Merto KPP 1987
• M. Wiratmoko, Merto KPP 1974
• MC Sunarto, Merto KPA 1984

Pokja Ekonomi Kreatif

• GM Budi Gunawan, Merto KPP 1995
• Koekoeh Hadi  Santoso, Merto KPP 1985
• Arya Pandu, Merto KPP 2016
• Dominico Nararya Esrasika, Merto KPP 2016
• Sigit Kurniawan, Merto KPP 1992

Pokja WUJA

• Markus Budiraharjo, Merto KPP 1990
• Balsamus Pieter Dwiwasa, Merto KPP 2011
• Joseph Quathino, Merto KPP 2021
• Christianus I Wayan Eka Budiartha, Merto KPP 1991
• Bambang Kussriyanto, Merto BCP 1970
• Benny Pudyastanto, Merto KPP 2005

3. Pengawas

Pengawas berisi individu-individu yang diminta (selanjutnya akan dipilih melalui Pemilu IASM) untuk mengawasi jalannya kepengurusan IASM.

• Romo V. Istanto Pramuja SJ (Rektor Seminari Mertoyudan ex officio)
• Theodorus Wiryawan
• Rogatianus Maryatmo
• Basuki Ismail
• Fransiscus Widya Kiswara
• Athanasius Sentot Suciarto
• Yusuf Budi Susanto